Εργαστήριο Μοριακής Ογκολογίας

Το Εργαστήριο Μοριακής Ογκολογίας (ΕΜΟ) οργανώθηκε και λειτουργεί από το 2009 στα πλαίσια συνεργασίας μεταξύ του Ελληνικού Ιδρύματος Έρευνας του Καρκίνου (ΕΛΙΕΚ), της Ελληνικής Συνεργαζόμενης Ογκολογικής Ομάδας (ΕΣΟΟ) και του Αριστοτέλειου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης (ΑΠΘ).

Το ΕΜΟ αναπτύχθηκε με αντικείμενο τη μοριακή/γενετική έρευνα με κλινική και ιστολογική συσχέτιση και σκοπό τη διερεύνηση της δυνατότητας εφαρμογής προκλινικών ερευνητικών δεδομένων (μετάφραση) στην κλινική διαγνωστική / θεραπευτική στα πλαίσια της Ογκολογίας.

Στόχοι του Εργαστηρίου Μοριακής Ογκολογίας

Η δραστηριότητα του ΕΜΟ είναι μοναδική για την Ελλάδα, καθώς αφορά στην εφαρμογή σύγχρονων μοριακών μεθόδων, συμπεριλαμβανομένης της τεχνολογίας αλληλούχισης επόμενης γενεάς (NGS), σε βιολογικό υλικό χιλιάδων Ελλήνων και Ελληνίδων ασθενών για τους οποίους υπάρχουν ελεγμένα κλινικά δεδομένα που ενημερώνονται διαρκώς, η δε έρευνα για γενετικούς/μοριακούς δείκτες αφορά συχνά σε νέα φάρμακα ή καινοτόμους συνδυασμούς φαρμάκων.

Επιμέρους στόχοι της μεταφραστικής έρευνας που διεξάγεται στο ΕΜΟ είναι:

• η ταυτοποίηση γενετικών / μοριακών δεικτών ευαισθησίας / ανθεκτικότητας σε φάρμακα και θεραπευτικά σχήματα που χρησιμοποιούνται στην Ογκολογία
• η αναγνώριση γενετικών / μοριακών δεικτών πρόγνωσης ανεξάρτητα από τις ισχύουσες θεραπευτικές προσεγγίσεις
• η προσαρμογή μοριακών ταξινομήσεων των όγκων στις αντίστοιχες κλασσικές ταξινομήσεις με μεθόδους ευρείας εφαρμογής
• η ανάπτυξη και ο έλεγχος μεθόδων ανίχνευσης των παραπάνω δεικτών για διαγνωστική (κλινική) εφαρμογή

Τμήματα

Το ΕΜΟ διαθέτει τα εξής τμήματα:

Μοριακής βιολογίας

• Μοριακές  μέθοδοι ανάλυσης σε εκχυλίσματα βιολογικού υλικού

In Situ

• Τμήμα in situ μεθόδων (ανοσοϊστοχημείας [ΑΙΧ] και φθορίζοντος in situ υβριδισμού [FISH]).

Διαχείρισης βιολογικού υλικού

Διαχείρισης δεδομένων

• Με ασφαλή ιστότοπο για την κωδικοποιημένη ανάρτηση των αποτελεσμάτων των δεικτών που εξετάζονται

Εξοπλισμός

Ο κύριος όγκος εργασιών γίνεται με NGS με τα συστήματα:

• Ion GeneStudio S5 Prime System
• Ion Proton Sequencer
• Sanger sequencing σε γενετικό αναλυτή ABI3500XL

Έρευνα

Οι μελέτες μεταφραστικής έρευνας πραγματοποιούνται πρωτίστως σε αρχειακό ιστολογικό καθώς και άλλο βιολογικό υλικό, όπως περιφερικό αίμα, το οποίο έχει καταχωρηθεί στις βάσεις δεδομένων της ΕΣΟΟ και προέρχεται από τους >15.000 ασθενείς που συμμετείχαν σε κλινικές μελέτες της Ομάδας με ενυπόγραφη συγκατάθεσή τους για τη χρήση του βιολογικού τους υλικού για ερευνητικούς σκοπούς.

Οι μελέτες περιλαμβάνουν διερεύνηση και αξιολόγηση βιομορίων σε όλα τα επίπεδα:

• κατάσταση της νουκλεοτιδικής αλληλουχίας, συγκεκριμένα όσον αφορά την παρουσία γενετικών παραλλαγών, καθώς και της αριθμητικής ακεραιότητας περιοχών του DNA, συμπεριλαμβανομένου αλλαγών του αριθμού γονιδιακών αντιγράφων
• δομική και αριθμητική κατάσταση χρωμοσωμικών τμημάτων
• πρωτεϊνική έκφραση
• γονιδιακή έκφραση σε επίπεδο mRNA

Η μεθοδολογία και τεχνολογία που χρησιμοποιείται επιτρέπει ευρείας κλίμακας μοριακές/γενετικές αναλύσεις, όπου ωστόσο κατ’ αρχήν λαμβάνονται υπόψη οι ιδιαιτερότητες του υλικού και της υποκείμενης νόσου κατά περίπτωση.

Ομάδα

Για την επίτευξη των στόχων του ΕΜΟ συνεργάζονται επιστήμονες διαφόρων ειδικοτήτων, όπως βιολόγοι, μοριακοί βιολόγοι, τεχνολόγοι, καθώς και πληροφορικοί, και περιστασιακά υποψήφιοι διδάκτορες και επιστήμονες διαφόρων ειδικοτήτων ανάλογα με το ερευνητικό τους ενδιαφέρον. Η κύρια ομάδα είναι η εξής:

Διευθύντρια: Dr Κυριακή Παπαδόπουλου  PhD, MSc, MRes

Mοριακή βιολόγος, κάτοχος διδακτορικού διπλώματος (PhD) και δύο μεταπτυχιακών τίτλων σπουδών (MSc & MRes) με πολυετή εμπειρία σε πολλαπλές μοριακές μεθόδους, συμπεριλαμβανομένων την εφαρμογή τεχνολογιών NGS, το σχεδιασμό στοχευμένων χαρτών – πάνελ γονιδίων της Ampliseq, εφαρμογών βιοπληροφορικής ανάλυσης για την ανάλυση και ερμηνεία δεδομένων NGS, καθώς και συγγραφέας σε δημοσιευμένες εργασίες μεταφραστικών μελετών της ΕΣΟΟ/ΕΛΙΕΚ και ερευνητικές προτάσεις.

Scopus https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=57193399333

Dr Ελευθερία Τσολάκη  PhD, MSc

Bιολόγος, κάτοχος διδακτορικού διπλώματος (PhD) με εμπειρία σε πολλαπλές μοριακές μεθόδους, συμπεριλαμβανομένων in situ μεθόδων, όπως ανοσοϊστοχημεία και FISH, αλλά και την εφαρμογή τεχνολογιών NGS και το σχεδιασμό στοχευμένων χαρτών – πάνελ γονιδίων της Ampliseq, καθώς και συμμετοχή ως συν-συγγραφέας σε δημοσιευμένες εργασίες μεταφραστικών μελετών της ΕΣΟΟ/ΕΛΙΕΚ.

Scopus https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=55628917400

Γιώργος Δαφνόπουλος MSc

Βιολόγος με μεταπτυχιακό δίπλωμα και εμπειρία σε μοριακές μεθόδους, συμπεριλαμβανομένων καλλιέργεια και μεταμόσχευση μεσεγχυματικών στελεχιαίων κυττάρων (MSCs), DNA & RNA extraction, Real-time PCR, NGS

Έμμα Λιβέρη MSc

Βιολόγος με μεταπτυχιακό δίπλωμα και εμπειρία σε μεθόδους ανοσολογίας και μοριακής βιολογίας, όπως κυτταρομετρία ροής, μικροσκοπία φωτός, μικροσκοπία φθορισμού, ELISA, Western Blot, ανοσοϊστοχημείας, καθώς και επεξεργασία ιστολογικών δειγμάτων, πρωτίστως λήψη τομών σε μικροτόμο, χρώση και κάλυψη πλακιδίων, σκήνωση ιστολογικών δειγμάτων σε block παραφίνης

Επικοινωνία 

Εργαστήριο Μοριακής Ογκολογίας

Ιατρική Σχολή, Εργαστήριο Γενικής Παθολογίας & Παθολογικής Ανατομικής, κτίριο 8

Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης

Τ.Κ. 54124 Θεσσαλονίκη

Τηλ: 2310 999040